La aparición y relevancia de Stuxnet ha provocado la proliferación de herramientas para eliminar el peligroso malware, aunque no todas son legítimas.

Desde el blog Bkis advierten de la aparición de aplicaciones que prometen desinfectar el ordenador del virus Stuxnet, pero lo que hacen realmente es eliminar todo el contenido del disco duro. Eso es lo que hace el programa conocido como Microsoft StuxnetCleaner, aparentemente de confianza pero que borra todo el contenido en C: La oferta de antivirus falsos es uno de los engaños más populares en la Red; datos de Google apuntaban a estos programas ilegítimos como responsables del 15% del malware.