| Artículos | 01 DIC 1998

CS ChemOffice Ultra 98

Tags: Histórico
El modelado de estructuras químicas es una de las actividades más apasionantes del software científico
Jaime Peña.

La empresa CambridgeSoft Corp . disfruta de una reconocida solvencia en el ámbito del software científico, más concretamente en lo relativo al modelado y elucidación de estructuras químicas, consulta de datos y evaluación de propiedades y reactividad . Su gama de productos es relativamente amplia, y se reúnen en su suite ChemOffice, que recoge todos ellos y además proporciona unas excelentes bases de datos en formato CD-ROM y la posibilidad de realizar actualizaciones y consultas a través de Internet .

Una suite para el trabajo en Química

El paquete de ChemOffice, edición del 98, consta de tres CD-ROM, dos de ellos con las versiones para plataformas Windows ?Win32 y Win32s, bajo Windows NT, 95 y 3 . x? y para Macintosh y un tercero con bases de datos complementarias . Dentro de las diferentes plataformas, se dispondrá de varios productos que, trabajando de forma cooperativa, se ejecutan en entornos diferentes . Todos ellos están, a su vez, disponibles como productos vendidos por separado . El número de programas disponibles, bases de datos y demás, depende de la versión ?Standard, Professional y Ultra?, que esencialmente contienen:

- Ultra: ChemDraw Pro, ChemDraw Pro Plugin, ChemNMR Pro, ChemProp Pro, Chem3D Pro, MOPAC Pro 97, ChemInfo Ultra y ChemFinder Pro . Además se adjunta el CD-ROM de bases de datos de estructuras y reacciones químicas y la posibilidad de actualizarlas o consultar nuevos datos conectándose a Internet .

- Professional: ChemDraw Pro, Chem3D Pro y ChemFinder Pro .

- Standard: ChemDraw Pro y Chem3D Pro . Las herramientas básicas se encuentran en el programa ChemDraw Pro . Se trata de un entorno de diseño de estructuras química, con áreas de dibujo y una paleta de herramientas que contiene plantillas para dibujo de cadenas carbonadas, enlaces covalentes y covalentes dativos, inserción de grupos, formatos de orbitales, definición de grupos de usuario, inserción de dibujos, textos libres y mucho más . Desde este mismo programa se pueden diseñar animaciones que se ejecutan según la ruta marcada; se tratará de giros según los ejes XYZ, zooms y desplazamiento libres . También, como herramientas de especial potencial de cálculo, se lanzan sistemas de análisis estructural, como lo relativo a optimizaciones, que buscan mediante un gradiente de energía aquellas disposiciones espaciales más estables .

Potencial gráfico 3D y datos científicos

Una de las aplicaciones más apasionantes es Chem3D Pro; realmente se trata del verdadero núcleo avanzado de la suite . Si para los diseños de partida se utiliza ChemDraw Pro, la elucidación y estudio de estructuras se lleva a cabo en Chem3D, basándonos en archivos de ChemDraw o en cualquiera de los extraídos de las bibliotecas de datos de Química ?es capaz de importar desde múltiples formatos científicos, incluyendo algunos tan extendidos como MOL y PDB, que abundan en foros institucionales de Internet? . Al margen de todo ello, también es posible realizar diseños en él, basándonos en diversos tipos de plantillas, tales que compuestos cíclicos, cristalinos, imágenes de átomo y enlaces en forma de esferas y palillos, etc . Los cálculos gráficos se exponen mediante tecnología OpenGL, lo que garantiza una calidad y velocidad muy destacables . Una de sus capacidades más atractivas es la evaluación de factores estéricos y optimización de estructuras en búsqueda de un mínimo de energía, fijándose el gradiente de búsqueda y el valor final del proceso de tanteo . Con respecto a las moléculas en sí, podremos generar un cálculo y visualización de Orbitales Moleculares en forma de nubes 3D, de sus densidades de carga y de la accesibilidad por parte de los disolventes ?utilizando MOPAC Pro 97? . Todo esto es personalizable en cuanto a colores, transiciones, nubes superpuestas a los átomos y demás . Mediante él también se realizan cálculos de propiedades físicas ( por ejemplo, energía de solvatación, entalpías de formación ) y muestra la geometría del estado de transición utilizando funciones potenciales de AM1, PM3, MNDO y MINDO/3, todo ello sin salir del entorno de Chem3D .

Una vez importada una estructura en Chem3D, sobre los átomos y enlaces se puede proceder a la visualización de los valores de orden de enlace, dimensiones y ángulos exactos previstos . Muy notable es la rapidez y simplicidad con que se logra realizar una previsión de propiedades fisicoquímicas ?como energía libre Gibbs, calores de formación, polaridades, índices de refracción, etc . ?, localización de los átomos más reactivos y otros . Todavía más provechoso a la hora de identificar estructuras de síntesis, es proponerlas a Chem3D y ver como éste nos muestra su previsión de las señales espectrales de RMN, según átomos de hidrógeno o de carbono-13 ?siempre que esté disponible ChemNMR Pro, como es el caso de ChemOffice Ultra? . Al hacerlo, se generará una imagen de la molécula con los valores apuntados sobre ella y una tabla en modo texto, con los valores según los diversos nodos ( por ejemplo, de los átomos unidos a los diversos carbonos ) . Para aquellos usuarios que dispongan del programa de modelado Gaussian, Chem3D actúa como un cliente, de manera que envía información de estructura y recoge los resultados de la evaluación por parte de aquel, todo ello sin salir del entorno de trabajo de Chem3D .

Otro complemento de enorme valor es ChemInfo Pro . Se trata de una biblioteca electrónica en CD-ROM, que contiene gran cantidad de información ?el contenido completo de los catálogos químicos Maybridge y Fisher Acros? . También nos da acceso a información de estructuras orgánicas y reacciones recientemente incluidas en la base de datos del ISI Index Chemicus . Incluye el contenido completo de la base de datos Chemfinder Server ( en Internet chemfinder . camsoft . com ) con lo que tendrá al alcance de la mano los más relevantes datos físicos y químicos de miles de los compuestos más conocidos y estudiados . Por último, contiene estructuras 3D y 2D de la base de datos del National Cancer Institute y librerías de fulerenos . Para mayor nivel de información, ChemFinder Pro, es una base de datos rápida e inteligente para uso personal, de grupos o empresa .

ChemFinder se puede configurar como un servidor WWW de información química en Internet o Intranet, proporcionando un amplio acceso a los datos científicos programable por parte del diseñador del foro . Con él se pueden intercambiar datos con MDL ISIS, vía archivos de formato SD . Las bases de datos químicas más relevantes resultan fácilmente accesibles con ChemFinder ?ISI Index Chemicus y Chemical Concepts? AntiBase, por ejemplo? .

Las conexiones con el mundo Internet son a dos niveles: exportando las estructuras generadas a formatos gráficos compatibles ( GIF y el nuevo PNG, Portable Network Graphics ) y con un avanzado método de inserción de componentes ?codificados en forma de applets en lenguaje Java, compatibles con Netscape y Microsoft Internet Explorer? mediante el módulo ChemDraw Plugin Pro 4 . 5, que nos permite visualizar, consultar y editar nuevas estructuras y datos en páginas HTML . Sucesivas y mejoradas versiones de los módulos, se pueden descargar gratuitamente del foro Internet de CambridgeSoft ( www . camsoft . com ) . Respecto a la inserción en páginas HTML, mediante una sencilla codificación, ChemDraw actúa de parte del servidor Web como fuente de datos para consultas .

Dentro de la ventana de la página HTML se podrán dibujar estructuras igual que desde el entorno ChemDraw y devolverá resultados de consultas referentes a masas moleculares, fórmulas empíricas y moleculares, etc . Nos ha parecido una herramienta ideal para catalogación y consulta de estructuras sencillas y dado que comparte el mismo entorno que el programa base, su inclusión en intranet

Contenidos recomendados...

Comentar
Para comentar, es necesario iniciar sesión
Se muestran 0 comentarios
X

Uso de cookies

Esta web utiliza cookies técnicas, de personalización y análisis, propias y de terceros, para facilitarle la navegación de forma anónima y analizar estadísticas del uso de la web. Consideramos que si continúa navegando, acepta su uso. Obtener más información